Адмирал Ефтимов е роден на 16 август 1961 г. в град Варна. Завършва Висшето военноморско училище през 1984 г., а през 1994 г. Военноморската академия на Руската Федерация в гр. Санкт Петербург, Русия. Обучава се във военната академия на Република Унгария, а впоследствие завършва Военноморския колеж на САЩ през 2005 г. Повишава квалификацията си с курсове за висши офицери в Училището на Главната квартира на НАТО в Оберамергау, Германия и в Колежа по отбраната на Алианса в Рим, Италия.
Започва военната си кариера като командир на щурманска бойна част на фрегата и преминава всички корабни длъжности до командир на фрегата. Командва дивизион патрулни кораби и Военноморска база Варна. От 2011 до 2016 г. трупа ценен опит в международна среда, като печели последователно конкурси за заместник-директор, а след това и за директор на дирекция „Сътрудничество и регионална сигурност“ в Международния военен щаб на НАТО в Главната квартира на НАТО, Брюксел – Белгия. Адмирал Ефтимов е първият български офицер на генералска длъжност в Главната квартира на Алианса.
През годините поетапно бива произвеждан във военни звания – от лейтенант през 1984 г. до вицеадмирал през 2016 г., когато е назначен за заместник-началник на отбраната. От 19 януари 2017 г. до 8 март същата година е временно изпълняващ длъжността „началник на отбраната“. От 28 февруари 2020 г. до назначаването му като титуляр на длъжността, временно поема ръководството на Българската армия.
ВВМУ „Н. Й. Вапцаров“ отправя най-сърдечни пожелания по случай рождения ден на Началника на отбраната адмирал Емил Ефтимов!
